Objectif : Mettre l’accent sur le nouveau variant Omicron issue de l’Afrique du sud et sa virulence et pathogénicité.
Réflexion sur l’épidémie et l’émergence des nouveaux variants
L’épidémie du virus covid19 est en pleine expansion dans le monde depuis 2019. Cette épidémie est responsable de la mort de 3.8 millions d’individus dans le monde. Ce qui complique encore mieux les chose est le faite que ces virus sont classés en Quatre sous-familles: alpha , bêta, gamma et delta. Les alpha et bêta-coronavirus proviennent de mammifères, en particulier de chauves-souris, les virus gamma et delta proviennent de porcs et des oiseaux. La taille du génome varie entre 26 kb et 32 kb.
Les bêta-coronavirus peuvent causer des infections graves chez les humains et des décès, tandis que les alpha-coronavirus causent des infections asymptomatiques ou légèrement symptomatiques.
Malgré les efforts des autorités sanitaires publiques qui sont penché vers l’élaboration de nouveaux vaccins contre le Sars cov 2 ,des nouveau variant sont en train d’émerger dans le monde . Selon un Review publié dans le journal de Stat Pearl.
- Alpha (B.1.1.7) : première variante décrite au Royaume-Uni (UK) fin décembre 2020.
- Bêta (B.1.351) : signalé pour la première fois en Afrique du Sud en décembre 2020.
- Gamma(P.1) : signalé pour la première fois au Brésil début janvier 2021.
- Delta (B.1.617.2) : signalé pour la première fois en Inde en décembre 2020 [1].
Le nouveau variant muté Omicron issue de l’Afrique du sud
Le variant Omicron (B.1.1.529) a été signalé pour la première fois par l’OMS en l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. La situation épidémiologique en Afrique du Sud a reconnue trois pics distincts, le variant Delta était responsable du premier pic.
Pendants ces dernières semaines, le taux d’infections est en train d’augmenter d’une manière significative en Europe et dans le monde. en coïncidence avec la détection du variant Omicron (B.1.1.529).
La première infection confirmée connue à B.1.1.529 provenait d’un échantillon prélevé le 9 novembre 2021.
Selon un séquençage établi par une équipe de chercheurs à Botswana , 30 mutations génétiques ont été trouvées dans les gènes qui codent pour les protéines virales Spike (ce sont les protéines qui sont reconnues par les cellules hôtes qui est la cible principale des réponses immunitaires du corps ). Plusieurs changements ont été trouvés dans des variantes telles que Delta et Alpha, et qui sont liés à une augmentation de la virulence et à la capacité de s’échapper aux anticorps produite par les plasmocytes du système immunitaire [2].
Selon l’organisation mondiale de la santé , la mutation touche aussi le gène (S dropout) qui est parmi les 3 gènes utilisés pour la détection de ce nouveau variant par PCR . Les résultats de plusieurs tests PCR ont montré une absence dans la détection de la bande S dans plusieurs échantillons !!!
La pathogénicité et la virulence du nouveau variant est évaluée selon l’OMS selon plusieurs critères.
L’évolution des recherches sur le séquençage du génome va classer ce nouveau variant selon 2 noms : variant intéressant ( SARS-CoV-2 Variant of Interest (VOI)) et variant à risque (Variant of Concern (VOC)).
Le variant intéressant peut avoir des mutations dans des gènes qui affectent : la virulence , la transmissibilité et l’échappement aux système immunitaire .
Le variant à risque est un variant qui a été étudié par des études comparatives qui confirment sa capacité :
- D’augmenter la transmissibilité et la virulence.
- De changer la situation épidémiologique dans le monde d’une manière significative.
- De diminuer l’efficacité des vaccins et des traitements médicamenteux couramment utilisés [3].
Les recherches scientifiques sur le nouveau variant sont en cours d’exécution et la conclusion que ce variant est à risque ( variant of concern) n’est pas encore établie . Au fur et à mesure plusieurs autorités publiques et gouvernements ont commencé à établir des lois et des mesures de restriction pour les voyageurs issue de l’Afrique du sud et certains pays vont faire un confinement partiel pour limiter la propagation de ce nouveau variant mutant.
Références :
[1] Aleem A, Akbar Samad AB, Slenker AK. Emerging Variants of SARS-CoV-2 And Novel Therapeutics Against Coronavirus (COVID-19). 2021 Jul 18. In: StatPearls [Internet]. Treasure Island (FL): StatPearls Publishing; 2021 Jan–. PMID: 34033342.
[2] https://www.nature.com/articles/d41586-021-03552-w.
[3] https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern.
